Domborzat 

Az ország kb. 75%-a erdős, hegyes terület, amely alkalmatlan mezőgazdasági, ipari és lakossági használatra a meredek lejtők, a földrengések, a szélsőséges időjárás, a gyenge talaj és az esőzések által okozott földcsuszamlások miatt. Ez azt okozta, hogy a lakható területeken a népsűrűség az egekig szökött, főleg a partvidéki területeken. Japán a harmincadik legsűrűbben lakott ország a világon.

A felkelő nap országa a pacifikus hegységrendszer szeizmikusan aktív területén fekszik, három tektonikus lemez találkozásánál. Emiatt gyakoriak a földrengések, vulkanikus tevékenység észlelhető. A századok folyamán több, kisebb-nagyobb földrengés pusztított az országban, melyek gyakran okoztak gyilkos szökőárakat (1995-ben a Nagy Hansin földrengés több mint 6400 embert ölt meg).

Vízrajz

Az ország szigetvilág jellegéből következik, hogy igazán hosszú folyók nincsenek. De mivel az éghajlat sokfelé esős, patakban, kisebb folyóban nincs hiány, ilyenek mindenfelé vannak.

Éghajlat

Az éghajlat Japánban nagyrészt mérsékelt, ám északról délre erősen változik. Az országot hat nagy éghajlati övezetre lehet osztani:

• Hokkaidó – a legészakibb. Jellemzői a hosszú, hideg telek és hűvös nyarak. A csapadék nem gyakori, de a szigetet télen gyakran sújtják hóviharok.
• Japán-tenger – Honsú nyugati partvidékén az északnyugati szél telenként jelentős havazást okoz. Nyáron ez a terület hűvösebb mint a Csendes-óceán partja, de a föhn jelenség miatt gyakran igen magas hőmérsékletek alakulnak ki.
• Közép-Japán – Tipikus kontinentális éghajlat jellemzi, a telek és nyarak, valamint a nappalok és éjszakák közti nagy hőmérsékleti különbségekkel. A csapadékmennyiség aránylag kicsi.
• Szeto-beltenger – A Csúgoku és Sikoku régiók hegyei pajzsként védik ezt a területet a szelektől, ami ennek a régiónak kellemes időjárást biztosít egész évben.
• Csendes-óceán – A keleti part télen hideg, gyakori a hóesés, a nyár viszont meleg a délkeleti monszunszél miatt.
• Délnyugati-szigetek – Éghajlatuk szubtrópusi, meleg telekkel és forró nyarakkal. A csapadék nagyon gyakori, főleg az esős évszakokban. A tájfunok időszakosak.

A fő esős évszak május elején kezdődik Okinava szigetein. Az ezért felelős mérsékelt égövi ciklon az év során észak felé halad, és Hokkaidón tűnik el végleg, általában július végén. Honsú nagy részén az esős évszak június közepén kezdődik el és körülbelül hat hétig tart. Nyár végén és ősz elején a tájfunok gyakran hoznak nagy mennyiségű csapadékot.

Élővilág, természetvédelem

Japán erdői kilenc ökorégiót alkotnak, amelyek tükrözik a szigetek éghajlatát és domborzatát. Délről észak felé utazva Rjúkjú- és Bonin-szigetek nedves trópusi és szubtrópusi erdeivel találkozunk először. A fő szigetek mérsékelt éghajlatú területein mérsékelt égövi lombhullató- és vegyes erdőket láthatunk, a hideg északi régióban pedig fenyveseket.

Az ötvenes és hatvanas évek gyors iparosítása közben elhanyagolták a környezet védelmét. Azóta viszont nagy erőfeszítéseket tesznek az élhető környezet fenntartásáért. Sikereket is értek el. Jelenleg legfontosabbnak a következőket tartják: a városi légszennyezés csökkentése, a szennyvíz-kezelés, a vizek túlságos feldúsulása tápanyagokkal („algásodás”), a vegyszerek kezelése.

Japán élenjáró ország az új, környezetbarát technológiák fejlesztésében. Ezeknek mára a gazdasági jelentősége is nagy, exportálható árut jelentenek.

Nemzeti parkok

Hokkaido

• Rishiri-Rebun-Sarobetsu Nemzeti Park
• Shiretoko Nemzeti Park
• Daisetsuzan Nemzeti Park
• Akan Nemzeti Park
• Kushiro Shitsugen Nemzeti Park
• Shikotsu-Toya Nemzeti Park

Tohoku

• Towada-Hachimantai Nemzeti Park
• Rikuchu Kaigan Nemzeti Park
• Bandai-Asahi Nemzeti Park

Kantō

• Nikkō Nemzeti Park
• Oze Nemzeti Park
• Chichibu Tamakai Nemzeti Park
• Joshinetsu Kogen Nemzeti Park
• Ogasawara Nemzeti Park
• Fuji-Hakone-Izu Nemzeti Park

Chūbu

• Chūbu-Sangaku Nemzeti Park
• Hakusan Nemzeti Park
• Minami Alps Nemzeti Park

Kansai

• Ise-Shima Nemzeti Park
• Yoshino-Kumano Nemzeti Park

Chūgoku & Shikoku

• San-in Coast Nemzeti Park
• Daisen-Oki Nemzeti Park
• Setonaikai Nemzeti Park
• Ashizuri-Uwakai Nemzeti Park

Kyūshū

• Saikai Nemzeti Park
• Unzen-Amakusa Nemzeti Park
• Aso Nemzeti Park
• Kirishima-Yaku Nemzeti Park

Okinawa

• Iriomote Nemzeti Park

Természeti világörökségei 

Az UNESCO a természeti világörökségek listájára vette:

• Jakusima - ősi cédruserdő;
• Sirakami-szancsi - bükkös;
• Siretoko-félsziget.